Poważne powikłania występują w mniej niż 5% przypadków[4][5]:

powikłania hemolityczne: ostra małopłytkowość, anemia hemolityczna, agranulocytoza, pancytopenia.
powikłania ze strony OUN – porażenia nerwów czaszkowych (najczęściej nerwu twarzowego), padaczka, psychozy, zespół Guillaina-Barry’ego, zapalenie mózgu, poprzeczne zapalenie rdzenia kręgowego
rzadko występuje zapalenie mięśnia sercowego, zapalenie trzustki.
utrudnienie oddychania (duszność ze stridorem)
pęknięcie śledziony (rzadko)
zapalenie wątroby

Chorobę inaczej znoszą dzieci, inaczej dorośli. Wraz z wiekiem organizm gorzej radzi sobie z chorobą i dłużej się po niej regeneruje. Mononukleoza upośledza odporność, dlatego chory narażony jest w późniejszym czasie na liczne infekcje oraz wnikanie patogenów (np. gronkowca złocistego)[potrzebne źródło].
Onkogenność EBV

Po przebyciu zakażenia pierwotnego wirus EB zostaje w ustroju w postaci latentnej. Miejscem latencji są limfocyty B, komórki nabłonka jamy ustnej i gardła, migdałki podniebienne. Reaktywacja EBV może prowadzić do monoklonalnej, niekontrolowanej limfoproliferacji. Uważa się, że EBV ma potencjał onkogenny i może mieć związek z ziarnicą złośliwą, chłoniakiem Burkitta[6][7], rakiem migdałków podniebiennych i ślinianek przyusznych oraz chłoniakami ośrodkowego układu nerwowego u chorych z AIDS i biorców przeszczepów.

Moj syn przegodzil to świnstwo na przełomie grudnia i stycznia,na poczatku przeziebienie, nie pamietam czy z goraczka, pozniej zawalone gardlo (powiedzieli ze angina), nastepnego dnia po diagnozie anginy baaardzo spuchły mu węzły za uszami, od razu szpital. miał podwyzszone leukocyty jak przy bialaczce, powiekszona watrobe i trzustke, aha i sledzione. na sledzione trzeba bardzo uwazac zeby sie dziecko w brzuch nie stuknelo, nie upadlo bo podobno sledziona przy mononukleozie potrafi w trakcie uderzenia czy wysiłku pęknąć. miesiac czasu siedzialam z synem w domu, aha strasznie zawalilo mu nos i gardlo, wydzielina byla gesta i smierdzaca, , mękę mielismy ze spaniem

Aha mimo choroby moj syn przez caly okres jej trwania był żywy, w szpitlu sie smieli ze na chorego nie wyglada:) choroba powazna, dlugo sie leczy ale z wlasnego doswiadczenia wiem ze lepiej nie czytac wyczerpujacych artykulow na jej temat w necie bo mozna panikowac, tylko sluchac rad lekarzy i jesli pytac to wlasnie ich a nie googli